2005年、旧長崎県立美術博物館の美術館機能と、スペイン美術・長崎ゆかりの近代美術の収蔵品を引き継ぐ形で、長崎水辺の森公園に隣接した場所に開館した。建物は「呼吸する美術館」をコンセプトに鞄本設計と建築家の隈研吾が設計を手がけた。