| ヤアモ | やまもも（山桃） | ヤマモモ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤイグサ | よもぎ（蓬） | キク科 | 〔草〕 | |
| ヤイトバナ | へくそかずら（屁糞葛） | アカネ科 | 〔草〕 | |
| ヤエザキイチリンソウ | はるおこし（春おこし） | キンポウゲ科 | 〔草〕 | |
| ヤエサンユウカ | ＊ | やえさんゆうか（八重三友花） | キョウチクトウ科 | 〔樹木〕 |
| ヤエドクダミ | ＊ | やえどくだみ（八重毒痛み） | ドクダミ科 | 〔草〕 |
| ヤエハクサンシャクナゲ | ねもとしゃくなげ（根本石南花） | ツツジ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤエベニシダレ | ＊ | やえべにしだれ（八重紅枝垂） | バラ科 | 〔樹木〕 |
| ヤエヤマブキ | やまぶき（山吹） | バラ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤエヤマヤシ | ＊ | やえやまやし（八重山椰子） | ヤシ科 | 〔樹木〕 |
| ヤオヤボウフウ | はまぼうふう（浜防風） | セリ科 | 〔草〕 | |
| ヤガラ | みくり（実栗） | ガマ科 | 〔草〕 | |
| ヤキクサ | よもぎ（蓬） | キク科 | 〔草〕 | |
| ヤクシソウ | ＊ | やくしそう（薬師草） | キク科 | 〔草〕 |
| ヤクシマシャクナゲ | ＊ | やくしましゃくなげ（屋久島石楠花） | ツツジ科 | 〔樹木〕 |
| ヤクシマツバキ | りんごつばき（林檎椿） | ツバキ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤクモソウ | めはじき（目弾き） | シソ科 | 〔草〕 | |
| ヤクヨウガレガ | ガレガ（Galega） | マメ科 | 〔草〕 | |
| ヤクヨウサフラン | サフラン（Saffron） | アヤメ科 | 〔草〕 | |
| ヤグルマギク | ＊ | やぐるまぎく（矢車菊） | キク科 | 〔草〕 |
| ヤグルマソウ | やぐるまぎく（矢車菊） | キク科 | 〔草〕 | |
| ヤグルマソウ | ＊ | やぐるまそう（矢車草） | ユキノシタ科 | 〔草〕 |
| ヤグルマハッカ | ワイルドベルガモット（Wild bergamot） | シソ科 | 〔草〕 | |
| ヤコウカ | やこうぼく（夜香木） | ナス科 | 〔樹木〕 | |
| ヤコウジュ | やこうぼく（夜香木） | ナス科 | 〔樹木〕 | |
| ヤコウボク | ＊ | やこうぼく（夜香木） | ナス科 | 〔樹木〕 |
| ヤシ | ココやし（Coco 椰子） | ヤシ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤシ | ＊ | やし（椰子） | ヤシ科 | 〔樹木〕 |
| ヤシオツツジ | ＊ | やしおつつじ（八塩躑躅、八汐躑躅） | ツツジ科 | 〔樹木〕 |
| ヤジナ | オヒョウ（opiw） | ニレ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤジノ | やだけ（矢竹） | イネ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤシャブシ | ＊ | やしゃぶし（夜叉五倍子） | カバノキ科 | 〔樹木〕 |
| ヤスミヌム・フルティカンス | ＊ | ヤスミヌム・フルティカンス（Jasminum fruticans） | モクセイ科 | 〔樹木〕 |
| ヤスミヌム・メズニー | うんなんおうばい（雲南黄梅 ） | モクセイ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤタイヤシ | ＊ | ヤタイやし（Yatay椰子） | ヤシ科 | 〔樹木〕 |
| ヤダケ | ＊ | やだけ（矢竹） | イネ科 | 〔樹木〕 |
| ヤチダモ | ＊ | やちだも（谷地ダモ） | モクセイ科 | 〔樹木〕 |
| ヤツガタケトウヒ | ＊ | やつがたけとうひ（八ヶ岳唐檜） | マツ科 | 〔樹木〕 |
| ヤツシロソウ | ＊ | やつしろそう（八代草） | キキョウ科 | 〔草〕 |
| ヤツデ | ＊ | やつで（八手） | ウコギ科 | 〔樹木〕 |
| ヤツブサウメ | ＊ | やつぶさうめ（八房梅） | バラ科 | 〔樹木〕 |
| ヤトロファ | ＊ | ヤトロファ（Jatropha） | トウダイグサ科 | 〔樹木〕 |
| ヤトロファ・インテゲリマ | ヤトロファ（Jatropha） | トウダイグサ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤナギイチゴ | ＊ | やなぎいちご（柳苺） | イラクサ科 | 〔樹木〕 |
| ヤナギザクラ | ＊ | やなぎざくら（柳桜） | バラ科 | 〔樹木〕 |
| ヤナギソウ | やなぎらん（柳蘭） | アカバナ科 | 〔草〕 | |
| ヤナギタデ | ＊ | やなぎたで（柳蓼） | タデ科 | 〔草〕 |
| ヤナギタムラソウ | アイアンウィード（Ironweed） | キク科 | 〔草〕 | |
| ヤナギトウワタ | アスクレピアス・ツベロサ（Asclepias tuberosa） | ガガイモ科 | 〔草〕 | |
| ヤナギノギク | やまじのぎく（山路野菊） | キク科 | 〔草〕 | |
| ヤナギバアカシア | アカシア・メラノキシロン（Acacia melanoxylon） | マメ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤナギバチョウジソウ | ＊ | やなぎばちょうじそう（柳葉丁字草） | キョウチクトウ科 | 〔草〕 |
| ヤナギハナガサ | ＊ | やなぎはながさ（柳花笠） | クマツヅラ科 | 〔草〕 |
| ヤナギバヒイラギナンテン | マホニア・コンフューサ（Mahonia confusa） | メギ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤナギバヒマワリ | ヘリアンサス（Helianthus） | キク科 | 〔草〕 | |
| ヤナギバヒメギク | ひめじょおん（姫女苑） | キク科 | 〔草〕 | |
| ヤナギラン | ＊ | やなぎらん（柳蘭） | アカバナ科 | 〔草〕 |
| ヤノネボンテンカ | ＊ | やのねぼんてんか（矢の根梵天花） | アオイ科 | 〔樹木〕 |
| ヤハズアジサイ | ＊ | やはずあじさい（矢筈紫陽花） | アジサイ科 | 〔樹木〕 |
| ヤハズエンドウ | からすのえんどう（烏野豌豆） | マメ科 | 〔草〕 | |
| ヤハズカズラ | ツンベルギア（Thunbergia ） | キツネノマゴ科 | 〔樹木／草〕 | |
| ヤハズススキ | たかのはすすき（鷹の羽薄） | イネ科 | 〔草〕 | |
| ヤハズニシキギ | にしきぎ（錦木） | ニシキギ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤハズホオノキ | ＊ | やはずほおのき（矢筈朴の木） | モクレン科 | 〔樹木〕 |
| ヤブイチゲ | アネモネ・ネモロサ（Anemone nemorosa） | キンポウゲ科 | 〔草〕 | |
| ヤブエビネ | えびね（海老根） | ラン科 | 〔草〕 | |
| ヤブガラシ | ＊ | やぶがらし（藪枯らし） | ブドウ科 | 〔草〕 |
| ヤブカンゾウ | ＊ | やぶかんぞう（薮萱草） | ユリ科 | 〔草〕 |
| ヤブコウジ | ＊ | やぶこうじ（藪柑子） | ヤブコウジ科 | 〔樹木〕 |
| ヤブサザンカ | さざんか（山茶花） | ツバキ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤブサンザシ | ＊ | やぶさんざし（藪山査子） | ユキノシタ科 | 〔樹木〕 |
| ヤブソテツ | ＊ | やぶそてつ（薮蘇鉄） | オシダ科 | 〔草〕 |
| ヤブタバコ | ＊ | やぶたばこ（藪煙草） | キク科 | 〔草〕 |
| ヤブツバキ | ＊ | やぶつばき（藪椿） | ツバキ科 | 〔樹木〕 |
| ヤブデマリ | ＊ | やぶでまり（藪手毬） | スイカズラ科 | 〔樹木〕 |
| ヤブニッケイ | ＊ | やぶにっけい（藪肉桂） | クスノキ科 | 〔樹木〕 |
| ヤブヘビイチゴ | ＊ | やぶへびいちご（藪蛇苺） | バラ科 | 〔草〕 |
| ヤブミョウガ | ＊ | やぶみょうが（藪茗荷） | ツユクサ科 | 〔草〕 |
| ヤブムラサキ | ＊ | やぶむらさき（藪紫） | クマツヅラ科 | 〔樹木〕 |
| ヤブラン | ＊ | やぶらん（藪蘭） | ユリ科 | 〔草〕 |
| ヤブレガサ | ＊ | やぶれがさ（破れ傘） | キク科 | 〔草〕 |
| ヤマアイ | ＊ | やまあい（山藍） | トウダイグサ科 | 〔草〕 |
| ヤマアサ | おおはまほう（大浜朴） | アオイ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマアジサイ | ＊ | やまあじさい（山紫陽花 ） | アジサイ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマイ | やまあい（山藍） | トウダイグサ科 | 〔草〕 | |
| ヤマイチジク | いぬびわ（犬枇杷） | クワ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマイモ | やまのいも（山の芋） | ヤマノイモ科 | 〔草〕 | |
| ヤマウコギ | ＊ | やまうこぎ（山五加木） | ウコギ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマウド | うど（独活） | ウコギ科 | 〔草〕 | |
| ヤマウリ | からすうり（烏瓜） | ウリ科 | 〔草〕 | |
| ヤマウルシ | ＊ | やまうるし（山漆） | ウルシ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマエンジュ | ふじき（藤木） | マメ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマオ | からむし（苧、苧蒸、苧麻） | イラクサ科 | 〔草〕 | |
| ヤマオダマキ | ＊ | やまおだまき（山苧環） | キンポウゲ科 | 〔草〕 |
| ヤマカタバミ | みやまかたばみ（深山片喰、深山酢漿草） | カタバミ科 | 〔草〕 | |
| ヤマキダチハッカ | ウインターサボリー（Winter savory） | シソ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマクサ | うらじろ（裏白） | ウラジロ科 | 〔草〕 | |
| ヤマグルマ | ＊ | やまぐるま（山車） | ヤマグルマ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマグワ | やまぼうし（山法師） | ミズキ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマグワ | ＊ | やまぐわ（山桑） | クワ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマコウバシ | ＊ | やまこうばし（山香ばし） | クスノキ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマゴーヤー | おきなわすずめうり（沖縄雀瓜） | ウリ科 | 〔草〕 | |
| ヤマコショウ | やまこうばし（山香ばし） | クスノキ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマゴボウ | ＊ | やまごぼう（山牛蒡） | ヤマゴボウ科 | 〔草〕 |
| ヤマザクラ | ＊ | やまざくら（山桜） | バラ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマザトノキフジン | きいじょうろうほととぎす（紀伊上臈杜鵑草） | ユリ科 | 〔草〕 | |
| ヤマシ | はなすげ（花菅） | ユリ科 | 〔草〕 | |
| ヤマジノギク | ＊ | やまじのぎく（山路野菊） | キク科 | 〔草〕 |
| ヤマジノホトトギス | ＊ | やまじのほととぎす（山路の杜鵑草） | ユリ科 | 〔草〕 |
| ヤマシバカエデ | ちどりのき（千鳥の木） | カエデ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマシャクヤク | ＊ | やましゃくやく（山芍薬） | ボタン科 | 〔草〕 |
| ヤマシロギク | いなかぎく（田舎菊） | キク科 | 〔草〕 | |
| ヤマスガ | じゃのひげ（蛇の髭） | ユリ科 | 〔草〕 | |
| ヤマスゲ | やぶらん（藪蘭） | ユリ科 | 〔草〕 | |
| ヤマスゲ | じゃのひげ（蛇の髭） | ユリ科 | 〔草〕 | |
| ヤマタチバナ | やぶこうじ（藪柑子） | ヤブコウジ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマツツジ | ＊ | やまつつじ（山躑躅） | ツツジ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマツバキ | やぶつばき（藪椿） | ツバキ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマトコロ | はなすげ（花菅） | ユリ科 | 〔草〕 | |
| ヤマトタチバナ | にっぽんたちばな（日本橘） | ミカン科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマトナデシコ | かわらなでしこ（河原撫子） | ナデシコ科 | 〔草〕 | |
| ヤマドリゼンマイ | ＊ | やまどりぜんまい（山鳥薇） | ゼンマイ科 | 〔草〕 |
| ヤマドリヤシ | アレカやし（Areca椰子） | ヤシ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマナシ | ＊ | やまなし（山梨） | バラ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマナラシ | ＊ | やまならし（山鳴らし） | ヤナギ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマナルコユリ | おおなるこゆり（大鳴子百合） | ユリ科 | 〔草〕 | |
| ヤマニシキギ | まゆみ（檀、真弓） | ニシキギ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマネコノメソウ | ＊ | やまねこのめそう（山猫の目草） | ユキノシタ科 | 〔草〕 |
| ヤマノイモ | ＊ | やまのいも（山の芋） | ヤマノイモ科 | 〔草〕 |
| ヤマハギ | ＊ | やまはぎ（山萩） | マメ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマハゼ | ＊ | やまはぜ（山黄櫨） | ウルシ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマハッカ | ＊ | やまはっか（山薄荷） | シソ科 | 〔草〕 |
| ヤマハハコ | ＊ | やまははこ（山母子） | キク科 | 〔草〕 |
| ヤマヒガン | きんきまめざくら（近畿豆桜） | バラ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマヒメ | おおむらさき（大紫） | ツツジ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマブキ | ＊ | やまぶき（山吹） | バラ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマブキショウマ | ＊ | やまぶきしょうま（山吹升麻） | バラ科 | 〔草〕 |
| ヤマブキソウ | ＊ | やまぶきそう（山吹草） | ケシ科 | 〔草〕 |
| ヤマフジ | ＊ | やまふじ（山藤） | マメ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマブドウ | ＊ | やまぶどう（山葡萄） | ブドウ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマフヨウ | しらねあおい（白根葵） | キンポウゲ科 | 〔草〕 | |
| ヤマブリ | やまぶき（山吹） | バラ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマブリ | シロバナヤマブキ（白花山吹） | バラ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマホウコ | やまははこ（山母子） | キク科 | 〔草〕 | |
| ヤマボウシ | ＊ | やまぼうし（山法師） | ミズキ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマホタルブクロ | ＊ | やまほたるぶくろ（山蛍袋） | キキョウ科 | 〔草〕 |
| ヤマホロシ | つるはななす（蔓花茄子） | ナス科 | 〔樹木〕 | |
| ヤマモミジ | ＊ | やまもみじ（山紅葉） | カエデ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマモモ | ＊ | やまもも（山桃） | ヤマモモ科 | 〔樹木〕 |
| ヤマモモソウ | ＊ | やまももそう（山桃草） | アカバナ科 | 〔草〕 |
| ヤマユリ | ＊ | やまゆり（山百合） | ユリ科 | 〔草〕 |
| ヤマヨモギ | おおよもぎ（大蓬） | キク科 | 〔草〕 | |
| ヤマラッキョウ | ＊ | やまらっきょう（山辣韮） | ユリ科 | 〔草〕 |
| ヤマルリソウ | ＊ | やまるりそう（山瑠璃草） | ムラサキ科 | 〔草〕 |
| ヤマルリトラノオ | ＊ | やまるりとらのお（山瑠璃虎の尾） | ゴマノハグサ科 | 〔草〕 |
| ヤラクキンセンカ | ごじか（午時花） | アオギリ科 | 〔草〕 | |
| ヤリズイセン | イクシア（Ixia） | アヤメ科 | 〔草〕 | |
| ヤリノホ | リアトリス・スピカータ（Liatris spicata） | キク科 | 〔草〕 | |
| ヤロウ | ＊ | ヤロウ（Yarrow） | キク科 | 〔草〕 |
| ヤンメ | やまもも（山桃） | ヤマモモ科 | 〔樹木〕 | |
| ヤンモ | やまもも（山桃） | ヤマモモ科 | 〔樹木〕 |